Oxu müddəti: ~2 dəq.
Orqanların homologiyası ilə bağlı nəzəriyyə ilə birlikdə molekulyar homologiya nəzəriyyəsi də yanlışdır. Təkamülçülər müxtəlif növ canlıların DNT şifrələrini və ya zülal quruluşlarının bənzərliyini əldə əsas tutaraq canlıların bir-birindən təkamül yolu ilə törədiyini subut etməyə çalışırlar. Məsələn, bir çox təkamülçü kitablarda "insan və meymunun DNT-si arasında bənzərlik"dən söhbət açılır, "insanla meymun arasında təkamül əlaqəsi arqumentləşdirilir".
Bu növ misallardan ən çox qarşılaşdığımız nümunə insanda 46, şimpanze və qorillada isə 48 xromosomun olmasıdır. Təkamülçülər xromosomların sayında olan belə yaxınlığı təkamül əlaqəsinin sübutu kimi qələmə verirlər. Lakin əgər bu məntiq doğru olsaydı, o zaman gərək insanın daha yaxın qohumu kartof bitkisi olaydı. Çünki kartofun xromosom sayı şimpanze və qorillanın xromosom sayından insana daha yaxındır, hətta eynidir, yəni 46-ya bərabərdir! Bu məsələ DNT quruluşundakı bənzərliyin təkamül nəzəriyyəsinin sübutu olmadığını bariz bir şəkildə göstərir.
Eləcə də ilk baxışdan bir-birinə yaxın görünmələrinə baxmayaraq canlılar arasında böyük molekulyar fərqlər var. Məsələn, tənəffüs prosesində mühüm olan sitoxrom-C zülalı eyni bir canlı sinfinin təmsilçilərində inanılmaz fərqli quruluşlara malikdir. Bu meyarlar üzrə aparılan müqayisələr nəticəsində bəlli olmuşdur ki, sürünənlər sinfinin iki növü arasında olan fərq balıqlar və quşlar yaxud balıqlar və məməlilər arasında olan fərqdən daha çoxdur. Digər bir tədqiqat göstərdi ki, bəzi quşlar arasındakı molekulyar quruluş fərqləri o quşlarla məməlilər arasında olan fərqlərdən daha çoxdur. Eləcə də müəyyən edilmişdir ki, bir-birinə bənzər bakteriyaların molekulyar quruluşları arasında olan fərq məməlilər və sürünənlər yaxud iki həşərat arasında olan fərqdən daha çoxdur..141Hemoqlobin, mioqlobin, hormonlar və genlərlə aparılan analoji müqayisələr də eyni nəticəni vermişdir. 142
Professor Maykl Denton yuxarıda sadalanan və buna bənzər faktlara əsaslanaraq məsələni belə şərh edir:
"Molekulyar səviyyədə hər bir canlı özünəməxsusdur, digər növlərə bənzəmir və onlarla əlaqəli deyil. Buna görə də molekullar da daşlaşmış qalıqlar kimi təkamülçü bioloqların uzun müddətdən bəri axtardıqları nəzəri ara keçidlərin mövcud olmadığını göstərdi. Molekulyar səviyyədə heç bir orqanizm digərinin əcdadı ola bilməz, necə ki, biri o birindən mükəmməl və ya primitiv ola bilməz. Əgər bu molekulyar sübutlar yüz il bundan öncə bilinsəydi, çox güman ki, üzvi təkamül haqqında fikir heç vaxt ciddi qəbul edilməzdi".143